Créé en 1964 en tant qu’ADER (Association pour le Développement de l’Enseignement et des Recherches), l’objectif du CEPHYTEN était alors de promouvoir la Recherche partenariale entre le milieu économique, les Universités et les Etablissements d’Enseignement supérieur, chacun représenté de façon équilibrée.
Le champ d’action du CEPHYTEN s’est élargi jusqu’au début des années 2000, avec notamment la gestion des contrats liés aux grands programmes de recherche nationaux et européens. La mise en place des Service d'Activités Industrielles et Commerciales (SAIC, http://www.u-psud.fr/fr/valorisation-innovation.html) à l’université, avec une mission très voisine, a par la suite réduit l’activité du CEPHYTEN.
En 2010, une convention a été signée avec l’Université Paris-Sud 11, autorisant le CEPHYTEN à poursuivre des activités de gestion de contrats sous supervision du SAIC puis de la DARI. Tout porte à croire que le CEPHYTEN trouvera également sa place dans le nouveau paysage de la valorisation de la recherche universitaire qui s’est mis en place en 2013 avec la création des Sociétés d'Accélération de Transfert de Technologie (SATT) et l'Université Paris-Saclay.
La vie associative du CEPHYTEN est régie par un conseil d’administration, un bureau et un président, tous choisis parmi les membres de l'Unoiversité. Les comptes sont vérifiés et certifiés par un cabinet d’expertise comptable.
Le travail de gestion au quotidien est assuré par une gestionnaire.
Nous désirons ici remercier toutes les personnes qui ont assumé jusqu’ici cette mission, notamment mesdames Annie Laude jusqu’en 2005 et Pascale Marchet décédée prématurément début 2015. Cette dernière, formée par la précédente, a été très rapidement confrontée aux problèmes de la crise financière générale qui a conduit à une réduction d’activité de l’association. Elle en a été bien affectée, car elle prenait à coeur la vie de son association. Elle en était la cheville ouvrière. Cependant, des épreuves plus importantes encore l’ont touchées et c’est ensuite pendant plusieurs années qu’elle aura lutté en vain contre la maladie. Qu’elle trouve ici l’expression la plus sincère de nos remerciements pour son action envers l’association. C’est Mme Angélique Deckers qui a ensuite repris cette charge avant que Mme Hélène AMY reprenne le flambeau.